O filtro biológico é o principal equipamento utilizado para filtragem de lagos ornamentais. Esse equipamento pode, portanto, ser considerado uma espécie de casa para bactérias especializadas. São elas as responsáveis por realizar a limpeza da água do tanque. Para isso, se alojam dentro do filtro e passam a transformar moléculas tóxicas em moléculas menos tóxicas para os peixes, em um processo conhecido como ciclo do nitrogênio. O ciclo do nitrogênio é essencial para a saúde dos peixes porque transforma amônia em nitrito. Este, por sua vez, gera o nitrato, que é modificado em gás nitrogênio. Então, as bactérias convertem o nitrogênio em moléculas cada vez menos tóxicas até a completa remoção da água.